Доц. Божкова придобива специалност „Микробиология” през 1979 г. През 1987 г. получава образователна и научна степен „Доктор по медицина”. Темата на дисертационния труд е „Изолиране и микробиологична характеристика на щамове Yersinia enterocolitica”.

От 1977 г. е последователно асистент, старши асистент и главен асистент в Катедрата по микробиология и вирусология на Медицински университет-Варна. Хабилитира се като доцент през 2002 г. В периода 2008-2012 г. е ръководител на катедрата по микробиология и вирусология на МУ-Варна. Под нейно ръководство е защитена 1 дисертация (д-р Т. Стоева), разкрита 1 процедура за защита (д-р М. Божкова) и е хабилитиран 1 главен асистент (доц. Т. Стоева). Два мандата е член на академичния и факултетния съвет на МУ-Варна.

Доц. Божкова е началник на Лаборатория по клинична микробиология и вирусология, както и на сектор “Медико-диагностични лаборатория” на УМБАЛ „Света Марина”- Варна през периода 2002-2015 г. Постига значителни успехи в развитието и утвърждаване авторитета на лабораториите по медицинска генетика, клинична имунология, микробиология, вирусология и клинична лаборатория. Провежда специализациите по микробиология на 10 лекари, които сега прилагат знания и умения в лаборатории във Варна, Бургас и Германия. Участва многократно в държавната комисия за придобиване на специалност по микробиология.

Доц. Божкова е провела редица курсове в следдипломна квалификация у нас, в Унгария, Русия, Германия. Автор е на повече от 80 пълнотекстови научни публикации и има над 90 участия в научни форуми у нас и в чужбина. Съавтор е на учебник и 3 ръководства по микробиология за студенти по медицина.

От 2016 г. е част от екипа на СМДЛ „Лина”-Варна.